На ранних этапах актерской карьеры Гарнер была лишь дублершей актрис, исполняющих ведущие роли. Иногда молодая актриса снималась на телевидении, ее дебютом стал телевизионный фильм «Зоя». В 1996 году Дженнифер появилась в телесериале «Закон и порядок». Среди ролей в кино – съемки в «Роуз Хилл» (1997 год). В 1998 и 1999 годах были роли в небольших сериалах – «Важные люди» и «Время твоей жизни». Позднее Гарнер переезжает в Лос-Анджелес.

А там ей даже приходилось выполнять работу администратора в одном из ресторанов. Затем следует приглашение на съемки в сериале «Фелисити», во время работы над которым состоялось знакомство Дженнифер со Скоттом Фоли, будущим мужем актрисы. В 1999 году Гарнер снова исполняет небольшую роль в телевизионном сериале «Притворщик». В 2000 году актриса получает первую роль в киноленте, ставшей впоследствии весьма известной. Это была комедия «Где моя тачка, чувак?», где Дженнифер исполнила роль Ванды. Год спустя актриса участвует в высокобюджетном кинофильме «Перл Харбор», в котором принимал участие Бен Аффлек, ставший позднее ее вторым мужем.

Первым значимым успехом для актрисы стала роль Сидни Бристоу в драматическом телесериале «Шпионка» (2001 год). Этот телесериал оказался очень популярным и пользовался неизменным успехом - до конца весны 2006 года вышло пять сезонов. За роль Сидни Дженнифер была награждена «Золотым глобусом» в категории «Лучшая исполнительница роли в драматическом сериале». За всю жизнь этого сериала Гарнер четыре раза номинировалась на премии «Эмми» и «Золотой глобус», а в 2005 году актриса стала обладательницей награды Гильдии киноактеров США. В марте этого же года Гарнер была режиссером одной из частей «Шпионки» и продюсером всего последнего, пятого сезона.

После успешной работы на телевидении Дженнифер снялась в небольшой роли в спилберговском «Поймай меня, если сможешь». А в 2003 году стала исполнительницей легендарной Электры в ленте «Сорвиголова». В 2005 году актриса предстала в образе этой же героини в фильме «Электра». Позднее Гарнер – исполнительница главной роли в кассовой комедии «Из 13 в 30». Дженнифер – редкая актриса, которая на съемках исполняет все трюки самостоятельно.

Известно, что в 2005 году ей пришлось пропустить некоторые рекламные акции ленты «Электра» из-за травмы спины, которую она получила, снимаясь в «Шпионке». Так, постепенно, шаг за шагом, Дженнифер добилась признания и была признана одной из самых влиятельных особ среди актеров. В период с 2004 по 2005 год гонорар актрисы составил около пятнадцати миллионов долларов.

Гарнер известна не только как актриса, но и как успешный продюсер. Она является основателем компании Vandalia Films и продюсером таких кинофильмов как «Быть с тобой» и ленты «Отпуск друг от друга». В 2007 году Дженнифер исполнила главную роль в проекте «Королевство» и в этом же году сыграла в фильме «Джуно». В 2009 году вышел в прокат фильм «Призраки бывших подружек», где Дженнифер работала совместно с Мэтом Маконахи. В этом же году зрители увидели «Изобретение лжи», а в 2010 – «День святого Валентина». Новые работы актрисы – роли в фильмах «Артур» и «Как по маслу», прокат которых запланирован на 2011 год.