В 1996 году Милла возвращается к съемкам в кино. На этот раз она приняла участие в кастинге к фантастическому, насыщенному спецэффектами и удивительными декорациями проекту «Пятый элемент» Люка Бессона. После второй попытки актриса была утверждена на одну из главных ролей в этом фильме. Вышедший в 1997 году «Пятый элемент» сделал актрису узнаваемой во всем мире. А кассовые сборы по всему миру втрое превысили бюджет картины. Талант перевоплощения Йовович удивителен, в 1998 году она блестяще исполнила роль девушки легкого поведения в ленте «Его игра». А в 1999 году вышел еще один проект Люка Бессона — картина о легендарной Жанне Д`Арк. Харизматичная и экспрессивная, Милла как никто другой идеально подходила для исполнения роли Жанны.

Правда, после выхода исторической ленты Милла в целом получила неплохие отзывы критиков, но ей была присуждена антипремия «Золотая малина» как худшей актрисе. Фильм не оправдал ожидаемого коммерческого успеха, собрав в мировом прокате не более 66 миллионов долларов.